A finales de la década de los 60, más específicamente en el año 1968, un grupo de personas preocupados por la educación de la comunidad, se propusieron la construcción de una escuela que estuviera ubicada en la zona, y es así como se inicia el movimiento Preescuela con la participación de la Secretaría de Educación, políticos de la ciudad y comunidad en general.  La comunidad se encargó de construir las dos (2) primeras aulas, con las docentes Noris Pérez De Nieto Y Placidia Rojas Martínez (q.e.p.d) y se le otorga licencia de funcionamiento.

El 31 de diciembre de 1992 y mediante acuerdo N.º 025, la Institución fue creada del con el nombre de colegio municipal de bachillerato diversificado Centro de Orientación Juvenil, el 12 de diciembre de 1993 se le cambia de nombre por el de colegio municipal de bachillerato Miguel Escobar Méndez, dos años más tarde y mediante acuerdo 023 del 17 de agosto de 1995 se le cambia el nombre por el de Colegio Municipal de Bachillerato Kilómetro Doce.

La escuela fue creciendo y el 27 de noviembre de 1998, se unifican la Escuela Rural Mixta Kilómetro Doce y el Colegio Municipal de Bachillerato Kilómetro Doce en una sola institución y se denomina Educación Básica Kilómetro Doce en donde se continúan prestando los servicios educativos en los niveles de: preescolar, básica primaria y básica secundaria.

A partir del año 2000, fue nombrado rector Lorenzo Martínez Quiroz, quien se desempeñó en el cargo hasta el 2021, fecha de su fallecimiento.

A partir del año 2004 funciona la media académica, y mediante resolución No 4727 de noviembre 22 de 2006 se da reconocimiento de los grados 10º y 11º.

En el año 2008 se inició con el modelo flexible Telesecundaria en la sede Casa blanca.

Para el año 2021 fue nombrada como rectora Ela Cecilia López Escudero, quien se encuentra a cargo actualmente de la Institución.

Actualmente la institución cuenta con 42 docentes, distribuidos en las sedes de: Kilómetro Doce, Las Lomas, Las Chispas, Casa Blanca, Loma Grande, Las Pulgas y el CAE Villa Luz asignado como sede de la Institución, desde el año 2022.Cuenta con una población estudiantil de 844 en los niveles de preescolar, educación básica, media académica.

La Institución Educativa KM 12, es una organización rural de carácter oficial cuya misión es formar integralmente niñas, niños y jóvenes, en competencias básicas, ciudadanas y laborales; fortaleciendo la lengua extranjera y fundamentada en el modelo pedagógico cognitivo social, con la inclusión de jóvenes y adultos en situación de analfabetismo o con escolaridad incompleta que les permita desempeñarse con altas competencias académicas y socioculturales, para mejorar su calidad de vida y la de su entorno y acceder a la educación técnica, tecnológica y superior. 

Ser una Institución líder para el año 2035 en la formación integral de niños, niñas y jóvenes de la región, reconocida por su alto nivel académico, con fortalecimiento de la lengua extranjera y su inserción al mercado laboral y educación superior, apoyados en programas de articulación y modelos flexibles. 

• Amor
• Responsabilidad
• Respeto
• Tolerancia
• Solidaridad
• Liderazgo.